Sepanjang lima tahun lebih proses pendampingan, upaya penumbuhan lembaga lokal di Muara menampakkan jatuh bangunnya. Berikut dinamika kelembagaan, di mana para mitra dan kader memiliki besar di dalamnya. Karena tujuan pelembagaan tak lain adalah kemandirian komunitas yang dimulai dari bagaimana mereka mengorganisasi diri.
 
Komunitas nelayan di Muara memiliki watak dasar terbuka.  Kehadiran MM sebagai ‘orang luar’, cepat mendapatkan kepercayaan karena watak tersebut. Komunitas yang menggantungkan mata pencahariannya pada laut, muara atau tambak itu juga mudah ‘dikomporin’. Ketika didorong untuk untuk membentuk kelompok-kelompok mandiri, mereka langsung mengamini. Pembentukan kelompok-kelompok itupun didorong keinginan yang kuat untuk perubahan nasib bersama sebagai warga di Muara.

Rasanya mereka tak pernah kapok diajak kerjasama sepanjang pihak lain yang mengajak itu memiliki tujuan produktif. Kepercayaan kepada MM di awal program, menjadi modal berharga untuk proses pendampingan yang bisa berlangsung lebih dari lima tahun. Padahal sebelum MM mereka kenal, warga pernah dikhianati seseorang yang juga mengajak kerjasama. Orang itu mengajak warga Muara membuat sebuah koperasi-tentu untuk kepentingan warga. Warga yang tertarik merogoh kocek, untuk modal pendirian koperasi. Sesudah uang terkumpul, orang yang sempat dipercaya membawa kebaikan bersama itu kabur membawa serta uang “modal”.
Bermula dari Kelompok Mandiri dan Induk

Mitra-mitra memulai program memperoleh banyak dukungan dari para tokoh setempat. Sementara aparat desa sepanjang pelaksanaan tidak cukup mendukung, tapi juga tidak pernah menghambat. Faktor yang bisa ditelusuri, ada masalah individual antara aparat dengan tokoh setempat yang tak ada kaitannya dengan program MM. Namun, mitra-mitra selalu berusaha melibatkan aparat desa sebagai salah satu stakeholder penting bagi pelaksanaan program mereka. Karena program-program yang mereka adakan memiliki pengaruh dan manfaat langsung maupun tak langsung bagi warga Muara umumnya.

Selama kurun waktu 8 bulan masa penjaringan mitra sampai pembentukan induk telah tergabung sebanyak 61 mitra dalam 13 Kelompok Mandiri yang lalu tergabung dalam 5 induk. Induk Garapan, Muara Pantai Harapan (MPH), Tanjung, Cipete dan Kedung Bolang. Dalam perjalanannya, terdapat mitra yang mengundurkan diri, sehingga sampai akhir 2002 tersisa 49 mitra. Sebagian induk dan KM lalu digabungkan (merger), seperti Cipete ke Tanjungan.

Setelah induk-induk berjalan, kemudian dilakukan penguatan kelembagaan dan pengkaderan pengurus  yang dimulai dengan pembentukan Forum Mitra Masyarakat Mandiri (FM-3). Pada tahun ketiga, forum ini dinamakan Ikhtiar Swadaya Mitra (ISM).  Rapat akbar lalu digelar dengan melibatkan seluruh mitra untuk memilih pengurus ISM periode 2003/2004, juga menghadirkan berbagai komponen masyakat dan aparat desa. Rapat akbar ini dikenal sebagai Majelis Musyawarah Mitra (M3)  yang dilakukan tanggal 19 Maret 2003.

Pengurus ISM
Pengurus yang terpilih sebagai berikut ini. Ketua: Mursidi; Sekretaris: Anih; Bendahara: Jayadi; Unit Mitra Permodalan ( UM-P ) terdiri Staf Pembukuan: Nasan dan. Staf Pembiayaan: Saman. Unit lain: Unit Mitra Sosial (UM-S): Minun, Een; Unit Mitra Ekonomi (UM-E): Saman serta  Dewan Mitra: Jamhari, Amja, Yanah, Kami, dan Titin. ISM lalu menyusun visi, misi dan tujuan. Tujuan yang mereka rumuskan, di antaranya sebagai lembaga masyarakat di tingkat mitra yang mampu melaksanakan fungsi pendampingan, mempercepat kemandirian dan kesejahteraan Mitra dan menjalin kerja sama dengan aparat dan lembaga yang peduli dalam pemberdayaan.

Pada tanggal 21 April 2005 diadakan Majelis Musyawarah Mitra untuk memilih pengurus ISM periode 2005/2006 dengan struktur kepengurusan sebagai berikut: Mursidi terpilih lagi sebagai Ketua ISM. Pada periode ini dibentuk Kader Bina Sehat yang menangani masalah kesehatan dan Kader Agama yang mendukung dalam pembinaan agama.

Sampai tahun kelima, pengurus ISM menunjukkan peningkatan dalam pelaksanaan kerja masing-masing. Dari penilaian pendamping, Ketua ISM sebesar 80 % sudah    melakukan tugas dan mengerti tugas ISM. Hal ini ditunjukkan di antaranya setiap rapat ISM sudah dibuka dan dipimpin oleh ketua. UM-Permodalan sebesar 85 % sudah mengerti dan melaksanakan semua tugas, di antaranya bias melaporkan semua perkembangan  pembiayaan dan posisi keuangan ISM setiap akhir bulan.  UM-Ekonomi sekitar 80 % mengerti tugas unitnya, namun  baru 40% realisasinya semisal unit ini pernah menangani Sarana Produksi Ternak (Sapronak) sampai Desember 2004, saat operalih sistem BBA Sapronak tidak lagi oleh UM-E. Untuk program pembangunan social bagi warga Muara umumnya, merupakan tugas UM-Sosial yang 50 % unit ini sudah mengerti tugas, tapi karena orangnya baru, maka 30 % tugasnya baru terealisasi.

Perkembangan Kelompok Mandiri
Awal 2004, dilakukan rekrutmen mitra baru, sehingga bergabung mitra baru sebanyak 25 orang. 15 mitra masuk Induk Garapan, 10 mitra bergabung dengan Induk MPH. Pada periode ini tercatat 50 orang mitra aktif, 16 non aktif serta 20 mitra yang sudah lepas.

Sampai April 2005, tercatat 3 induk di Muara. Induk Garapan, Induk MPH, dan Induk Tanjungan, dengan jumlah mitra aktif 49 orang, mitra non aktif 10 orang, dan 24 orang mitra lepas. Induk Garapan terdiri dari 6 KM, induk Tanjungan terdiri dari 4 KM, dan induk MPH terdiri dari 5 KM.
Untuk induk Garapan rapat induk sudah berjalan dengan baik dengan ketua induk ibu Yanah, susunan acara sesuai dengan format MM. Dalam pelaksanaan acara rapat induk, ceramah agama singkat (kultum) tidak lagi oleh PM tapi oleh mitra secara bergantian. Biasanya pertemuan ditutup dengan sholawatan. Tingkat kehadiran mitra cukup bagus dengan angsuran cukup lancar. Khusus untuk mitra bebek setelah sistem BBA (albai’u bitsaman ajil) atau jual beli diberlakukan, mengalami penurunan baik dari segi kehadiran maupun dari segi angsuran. Alasan mereka karena tidak bisa setoran akibat uang penjualan telur dari penampung sering terlambat, sehingga mitra malu untuk ikut rapat induk.

Rapat Induk Garapan setiap hari Kamis jam 13.00 - 14.00 WIB diadakan di rumah salah satu mitra, Ibu Yanah yang sekaligus sebagai ketua induk yang baru menggantikan Pak Minun. Nama terakhir ini dari segi kehadiran sangat rendah sekali, sehingga berdasarkan keputusan rapat, Ibu Yanah  dipercaya sebagai ketua induk yang baru. Pada bulan April 2005, seorang mitra mengundurkan diri karena sudah memiliki kemandirian dari segi usaha dan modal. 

Induk MPH dengan ketua induknya Pak Jamhari, dari tingkat kehadiran mitra masih rendah. Begitupun tingkat angsuran setiap minggunya sering di bawah yang seharusnya. Jadwal rapat induk MPH setiap hari Jum’at jam 13.00-14.00 WIIB. Khusus untuk mitra nelayan dari Disiplin Kelompok (DK) dan Disiplin Pembayaran (DP) sangat rendah sekali. Alasannya, tingkat pendapatan mitra nelayan yang tidak menentu karena faktor alam, selain keterampilan penangkapan ikan yang masih tradisional. Sebagian nelayan masih menjadi nelayan pinggir atau cuma memiliki perahu kecil. Kadang mereka nihil tangkapan.

Khusus mitra yang perempuan, dalam kehadiran dan angsuran sangat rendah karena di antara penyebabnya yang aktif cuma 3 orang. Setiap rapat induk pengurus ISM dan induk harus keliling untuk memanggil mitra. Memasuki caturwulan III 2005, upaya pengurus ISM mendorong tingkat DK dan DP para mitra menunjukkan hasil. Mitra  yang dari Januari sampai Mei 2005 tidak pernah angsuran, pada 2 minggu terakhir Mei sudah angsuran dan bersemangat lagi. Salah satu alasan yang patut dicatat, mengapa mitra nelayan sempat tidak aktif dalam angsuran. Hal ini dikarenakan adanya kebijakan dalam program untuk menutup skim nelayan, sehingga mematikan itikad mitra untuk melunasi skim sebelumnya.

Pada akhir 2005, bergabung 15 orang mitra baru. Empat orang masuk Induk MPH, sedangkan 11 orang  tergabung dalam induk baru, yaitu Induk Kartini. Rata-rata mitra baru itu memiliki usaha dagang.

Pendirian Koperasi
Puncak proses pelembagaan mitra di Muara adalah pendirian koperasi. Sejumlah 32 mitra menorehkan tanda tangan pada acara pendirian, Rabu 1 Maret 2006. mereka sekaligus menjadi anggota koperasi. Penandatanganan disaksikan oleh camat Teluk Naga, Sekdes Muara, para guru SD Muara I, lima tokoh masyarakat, serta seorang petugas dari Deperindagkoppar. Rapat menentukan nama koperasi, yaitu Koperasi Serba Usaha ISM Muara. Para peserta rapat juga memilih Mursidi yang selama ini sebagai Ketua ISM menjadi Ketua Koperasi. Nasan dipilih sebagai bendahara sekaligus pembukuan. Sedangkan sekretaris diisi nama Mugiharjo. Selanjutnya, mereka juga menetapkan simpanan pokok anggota sebanyak Rp 400 ribu.